Uno de los obstáculos más importantes en el desarrollo de medicamentos para la enfermedad de Chagas es la falta de marcadores biológicos claros y tempranos que indiquen la respuesta parasitológica al tratamiento y, finalmente, la cura. Hasta la fecha, los únicos resultados medibles son beneficio clínico y seroconversión, aunque esta última puede llevar varias décadas.
El objetivo inicial ha sido la optimización de los procedimientos de muestreo sanguíneo y la validación de la cuantificación de ADN mediante la reacción en cadena de la polimerasa (RCP). Los proyectos TRAENA y BENEFIT, dos estudios clínicos comparativos con placebo del benznidazol en pacientes adultos con enfermedad de Chagas crónica, ofrecen la oportunidad de establecer la relación entre la respuesta serológica y los resultados de la RCP con un largo seguimiento tras el tratamiento. A largo plazo, DNDi trabajará en la identificación de nuevos biomarcadores incluyendo aquellos identificados mediante plataformas proteómicas, anticuerpos líticos, ensayos con células T, ensayos multiplex de serodiagnóstico y perfil de expresión genética. Una evaluación de seguimiento continuo de anticuerpos líticos y RCP está en marcha, así como un análisis del panorama de biomarcadores ya conocidos.
Un proyecto con los Hospitales Universitarios de Ginebra y la Universidad McGill para evaluar el uso de firmas proteómicas en muestras de suero de pacientes con Chagas tratados con nifurtimox identificó posibles biomarcadores para la evaluación temprana de respuesta terapéutica, y ya se han obtenido resultados preliminares de niños tratados con benznidazol.
DNDi está colaborando con la Universidad de Georgia y el Instituto de Investigación Biomédica de Texas en un estudio financiado por Wellcome Trust con monos infectados de forma natural en la fase crónica de enfermedad de Chagas, con el fin de determinar la sensibilidad de la RCP y otros marcadores para diferenciar de forma consistente la cura parasitológica del fracaso terapéutico. Tras el periodo de administración, se realiza una evaluación de seguimiento de 12 meses, que concluyó en agosto de 2015. DNDi es miembro de la red de investigadores NHEPACHA, creada para la evaluación de cohortes a largo plazo con relación a biomarcadores potenciales.